De man van Overground 9

1956, Nevada, zone 51. Bowen nog steeds in coma wordt samen met Cox en Liv door hun redders naar de geheime basis Overground 9 gebracht. Daar blijkt Generaal Yeppard ontheffen te zijn uit zijn functie omdat hij het Ugly Head programma annuleerde om het leven van zijn 2 piloten te redden. De bizarre Kolonel Macnut van E.L.S.E heeft de leiding van de basis overgenomen. Majoor Kimberly Costello die aan het hoofd stond v/d reddingsmissie en plioot Cox worden door MacNut's mannen meteen onder arrest geplaats. Het geheimzinnige koffertje van Kovlev dat ze bij hun ontsnapping konden bemachtigen wordt meteen in beslag genomen. Bowen, nog steeds in coma wordt in het grootste geheim in een medische cel ondergebracht en onderzocht.