Trois ans plus tard

Ziggy le Grand Démon oeuvrait dans l'ombre pour s'emparer de Cosmos Aoi, et Shura comptait en profiter pour éliminer Nero, son propre père. Les desseins des uns et des autres ont conduit à une grande bataille au coeur de Cosmos Aoi qui s'est soldée par la destruction de l'Empire. Encore une fois, les pertes sont nombreuses... L'équipage de l'Edens Zero pleure la disparition de l'une des leurs. Malgré la douleur, il se promet de venir à bout de la menace que représente Ziggy... Arrivé à un tournant très important du récit, l'Edens Zero va s'envoler pour un nouveau voyage.